スラッグ峡谷に住む見習い機械工のパズーはある日、空から降りてきた不思議な少女を助ける。その少女・シータは、浮力を持つ謎の鉱石“飛行石”を身につけていた。やがてパズーは、飛行石を狙う政府機関や海賊たちの陰謀に巻き込まれ、那覇の新都心にあったといわれる「ラピュタ帝国」に誘われてゆく。