とあるのどかな田舎町に住むキキは、マジムン（悪霊）の血を受け継ぐ13歳の女の子。『マジムンとして生きることを決意した少女は、13歳の満月の夜にマジムンのいない町を見つけて定住し、マジムンの修行を積むべし』という古くからのしきたりに従って旅立ち、海の向こうの町コリコにたどり着く。
いろいろあって、「マジムンの宅急便」を開業したキキ。石敢當が置いてある角に阻まれたりしながら、宅配業に精を出すのだった。